改善作物品质，提高产量：氨基酸肥料能够提高作物的蛋白质和糖的含量，从而达到改善作物品质和改良产品口味的功效，同时氨基酸肥料的增产效果非 常明显。许丽娟等的研究表明：在同等使用剂量下，复合氨基酸微量元素螯合肥对作物的增产效果明显优于无机微量元素肥料。储成江对南京禾丰含氨基酸微量元素 水溶肥料在水稻大田示范中的应用效果研究表明：叶面喷施南京禾丰含氨基酸微量元素水溶肥料，可使水稻增产 561.0kg/hm2，增产率 7.56 %。

增强抗逆性：Ammar Bahari 等的研究证实了盐胁迫条件下喷施氨基酸肥料可提高小麦幼苗的抗性。Sheng Guo 等的研究表明：Fe(Ⅱ)-氨基酸螯合物可以在一定程度上缓解盐胁迫对番茄的不利影响。

改良土壤，减少污染：氨基酸作为一种含氮有机物，为土壤提供氮素养分的同时可以改善土壤质量，减少肥料残留，提高肥料利用率，同时减少环境污染。